В географическом распределении рыб встречается немало случаев, трудно объяснимых с первого взгляда. Двудышащие обитают в водоемах Австралии, Африки и Южной Америки, но их нет ни в Северной Америке, ни в Азии, и в Европе. Харацинообразные и цпхлидовые встречаются в Африке, в Центральной и Южной Америке, Индостане и Малакке и больше нигде. Карповидные отсутствуют в Южной Америке и Австралии.

Окуневые населяют, но не целиком, Азию и Северную Америку. Род умбры встречается в последней и в ограниченном районе европейской территории. Один и тот же вид горчака распространен в Европе, в частности в Испании, Италии и западной части Балканского п-ова, но отсутствует в северной трети Европы, а также в большей части Азии, встречаясь лишь в бассейне Амура.

Понять происхождение таких разрывов в распределении вида, отряда или подкласса рыб возможно лишь в связи с представлениями об истории земной поверхности, ее океанов, морей и материков, об их связях и разрывах в прошлом. Со своей стороны именно современные особенности распространения рыб дают поводы для предположений о существовавших ранее связях и разрывах мест их обитания. Колоссальный скат, известный под названием морского дьявола, встречается у восточного в западного побережий Панамского перешейка.

Кроме того, считают, что 4.3% общего числа морских видов Центральноамериканских рыб принадлежат одинаково Пацифике и Атлантике, а около 100 видов представлены очень близкими формами. Ясно, что когда-то Панамского перешейка не было; на его месте было море, в котором жили виды рыб, общее теперешним Пацифике и Атлантике.

Разрыв океанов произошел в середине миоцена; со времени появления Панамского перешейка часть общих видов сохранила свои признаки, часть же в порядке эволюции приобрела новые видовые признаки, еще слабо выраженные у многих рыб. Наоборот, распространение даллии и коньковых но обе стороны Берингова моря, Чукотской земле и на Аляске говорит о существовавшем ранее соединении обеих областей.

Миноги и остракодермы среди бесчелюстных рыбообразных позвоночных, первичные рыбы и лучеперые, а также низшие костистые развивались, судя по их современному расселению и по палеонтологическим остаткам, в пресноводных водоемах. Также пресноводными были ближайшие предки акулообразных. Формирование же миксин и настоящих акулообразных зависело от их жизни в море.

Очевидно, в эволюции рыб рано начался обмен формами между пресными водами и морскими, причем возможно, что формы пресных вод имели значительный перевес. Целесообразно будет начать и обзор географии рыб с пресноводных водоемов. Как сейчас, так и ранее температурные условия тропических и субтропических областей были наиболее благоприятны для развития разнообразных пресноводных рыб.

Среди них приходится отличать первично-пресноводных, живших всегда в пресной воде, и вторично-пресноводных, проникавших в тропические реки из морей и приспособлявшихся к жизни в реках и озерах. Обширные океаны разбили тропический пояс суши на отдельные области и составили непреодолимое препятствие для смешения их рыбного населения.

На суше же в известной степени меридионально или широко возвышавшиеся горные цепи, а равно и обширные пустыни препятствовали равномерному расселению рыб. В меловом периоде Африка и Южная Америка составляли один материк, Гондвану; с ним была связана Австралия, и след такой связи остался в виде австралийского рогозуба и рыбы Sderopages из числа костеязычных.

Остальные костистые рыбы могли проникнуть в австралийские реки из моря; к ним относятся сомы семейств Ariidae и Plotosidae, сельдевые, кефали, атерины, бычки. Все они в Австралии стали вторично-пресноводными рыбами. Возможно, что морским же путем проникли галакспи и пестрые лососи (Haplochiton), если их не считать потомками населения древнего общего материка мелового периода. В пресных водах Мадагаскара совсем нет первично-пресноводных рыб.